Bernhard H.F. Weber
Istituto di Genetica Umana, Università di Regensburg, Regensburg, Germania
Una caratteristica delle degenerazioni retiniche ereditarie è la loro sorprendente eterogeneità genetica, ad esempio un singolo fenotipo clinico può essere causato da mutazioni in molti geni differenti, e anche da un maggior numero di mutazioni gene-specifiche. Viceversa, mutazioni in un singolo gene possono causare fenotipi clinici sorprendentemente diversi. Questo fa sì che un test genetico per le retinopatie ereditarie richieda tempo, lavoro e di conseguenza costi elevati. A dispetto di questi problemi, la validità della diagnosi genetica nelle distrofie retiniche è una parte essenziale della diagnosi clinica ed è indispensabile nel trattamento dei pazienti e per il chiarimento dei rischi individuali e ricorrenti.
Considerato ciò, il risequenziamento basato sulla tecnologia dell’array, può offrire una soluzione ad alta processività con un costo contenuto. L’analisi simultanea di un ampio numero di geni-malattia fornisce la possibilità di risequenziare fino a 300.000 basi di DNA su un singolo array. Retchip 1.0 include 72 geni finora associati alla Retinite Pigmentosa (RP) generalizzata (ad esclusione della RP stazionaria), alla malattia di Stargardt, alla sindrome di Bardet-Biedl ed alla sindrome di Usher. I 72 geni comprendono in totale 1147 esoni codificanti, i quali necessitano di essere individualmente amplificati prima di procedere all’analisi mediante il chip. Noi abbiamo messo a punto una strategia di PCR multiplex che riduce il numero di reazioni di PCR di approssimativamente il 75%. La valutazione delle alterazioni nelle sequenze analizzate è messa a punto con un software sviluppato in cooperazione con sistemi JSI medici (Kippenheim, Germania), ed offre il necessario alto grado di automazione, effettuato il controllo di qualità.
Il test genetico con Retchip 1.0 è realizzabile in 7 moduli (RP semplice, ADRP, ARRP, LCA, CRD, sindrome di Bardet-Biedl, sindrome di Usher) ed è eseguito in centri selezionati di eccellenza in Germania, dove clinici, consulenti genetici e genetisti molecolari collaborano attivamente. Il test è accompagnato da una complessiva valutazione statistica/biometrica dei dati. Questa messa a punto può consentire lo sviluppo di strutture standardizzate per il test del DNA, e può facilitare la valutazione dei pro e dei contro per il miglioramento di questa nuova e complessa tecnologia.
